Les Causses lotois, et notamment le Causse de Gramat sont des entités géographiques et géomorphologiques facilement appréhendables et délimitables par le grand public. En revanche, le Limargue est une entité géographique à dominante bocagère plus complexe car composée de petites unités paysagères. Le Limargue constitue la première bordure sédimentaire du Massif Central, et forme dans le Lot une bande étroite qui remonte au Nord-Est le long de la vallée de la Tourmente et pénètre dans les Causses, au Sud, le long de la faille de Padirac pour descendre jusqu’au bassin versant du Célé. C’est une zone de transition entre le Ségala au Nord-Est et le Causse de Gramat au Sud-Ouest, et ses sols sont composés principalement de calcaires, de calcaires grèseux, de marnes, d’argiles et d’une bordure de grès.
Au Sud, Sur le Causse de Gramat et le Limargue, plusieurs masses d’eau sont présentes, appartenant aux bassins versants de l’Ouysse et de la Dordogne. La masse d’eau la plus importante est celle de l’Ouysse, en partie souterraine (n° FRFR322), alimentée par plusieurs affluents que sont le ruisseau de Lascombe (n°FRFR322-1) le Francès (n°FRFR323-2), l’Alzou (n°FRFR322) et son affluent le ruisseau du Bio (n° FRFR323-2). La masse d’eau du ruisseau d’Alvignac (n°FRFR349C-2) est également présente sur le Causse de Gramat, et alimente la Dordogne après un trajet en souterrain. C’est également le cas des ruisseaux de Rignac et de Réveillon, inclus dans la masse d’eau de la Dordogne (n°FRFR349-C)
Sur ces 6 masses d’eau, les mesures effectuées lors du dernier état des lieux de 2019 révèlent un état écologique bon pour 3 masses d’eau, les 3 autres étant en état écologique moyen. Concernant l’état chimique, seule la masse d’eau de l’Alzou a été mesurée en bon état, les autres étant non classées. La plupart des pressions identifiées sur les cours d’eau sont non significatives, cependant l’état des lieux relève des pressions élevées sur l’hydromorphologie du cours d’eau et la continuité, sur les prélèvements pour l’irrigation, et sur les rejets de macropolluants des stations d’épurations domestiques par temps sec.
Au Nord du territoire, les bassins versant de la Tourmente, de la Sourdoire et du Palsou sont situés sur le Limargue, et sur le Causse de Martel pour l’Ouest du bassin-versant de la Tourmente. Ce dernier regroupe les masses d’eau de la Tourmente (n°FRFR79), du Vignon (n°FRFR79-2) et du Lafondiale (n°FRFR79-3). L’état des lieux 2019 révèle un état écologique et chimique bon pour ces masses d’eau, à l’exception du Lafondiale en état écologique moyen. Les pressions significatives sont les rejets de macropolluants des stations d’épurations domestiques par temps sec, l’altération de l’hydrologie, de la morphologie et de la continuité. Pour la Sourdoire (n°FRFR80), l’état des lieux révèle un état écologique moyen et un bon état chimique. Les pressions significatives sont les rejets de macropolluants des stations d’épurations domestiques par temps sec, l’altération de la continuité et de la morphologie. Enfin, pour le Palsou (n°FRFR520), l’état des lieux révèle un état écologique bon et l’état chimique n’est pas classé. Les pressions significatives sont les rejets de macropolluants des stations d’épurations domestiques par temps sec, l’altération de la morphologie.